Modelado molecular y caracterización in silico de Mycobacterium tuberculosis TlyA: Posible anotación incorrecta de esta bacilo-hemolisina tuberculosa
Antecedentes
La proteína TlyA tiene una función controvertida como factor de virulencia en Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis). En la actualidad, su doble actividad como hemolisina y ARN metiltransferasa en M. tuberculosis se ha propuesto indirectamente en función de los resultados in vitro. Sin embargo, no hay evidencia de la relevancia de TlyA en la supervivencia de los bacilos tuberculosos dentro de las células huésped o si ambas actividades están funcionalmente relacionadas. Un análisis exhaustivo de la predicción de la estructura de esta proteína micobacteriana en este estudio muestra la necesidad de reevaluar la función de TlyA en la virulencia
Resultados
El análisis bioinformático de TlyA identificó un dominio de unión a proteínas ribosómicas (dominio S4), ubicado entre los residuos 5 y 68, así como un dominio de metiltranferasa de tipo FtsJ que abarca los residuos 62 y 247, todos los cuales se han descrito previamente en proteínas asociadas a la maquinaria de traducción. La predicción de localización subcelular mostró que TlyA carece de un péptido señal y su perfil de hidrofobicidad no mostró evidencia de hélices transmembrana. Estos hallazgos sugirieron que puede no estar unido a la membrana, lo que es consistente con una localización citoplasmática. El modelado tridimensional de TlyA mostró una estructura de consenso, que tenía un núcleo común formado por una lámina β de seis cadenas entre dos capas de hélice α, que es consistente con una estructura de metiltransferasa de ARN. Los análisis filogenéticos mostraron una alta conservación del gen tlyA entre las especies de Mycobacterium. Además, las tasas de sustitución de nucleótidos sugirieron la selección purificadora durante la evolución del gen tlyA y la ausencia de un ancestro común entre las proteínas TlyA y las proteínas bacterianas formadoras de poros
Conclusión
En total, nuestro manual in silico curation sugirió que TlyA está involucrado en la biogénesis ribosómica y que hay un error de anotación funcional con respecto a esta familia de proteínas en varios genomas microbianos y vegetales, incluido el genoma de M. tuberculosis
